Unity здесь непричём. В сборке Ubuntu 11.04 всё работало, несмотря на наличие интерфейса Unity. Проблемы начались при переходе с рабочей среды Gnome-2 на Gnome-3, т.е., начиная со сборки 11.10. Разработчики, видимо сочли, что раз есть возможность копировать значки из папки /usr/share/applications прямо в рабочий стол, то пользователям этого вполне достаточно. А зря. Пользователи -- они ведь разные. Действительно, многие не умеют писать скрипты и создавать ссылки на приложения и адреса. Более того, даже не собираются осваивать эти "премудрости". Но, думается, это не относится к читателям "Вестей"!

На самом деле всё просто. Вот команда терминала, запускающая создание значка прямо на рабочем столе:

gnome-desktop-item-edit --create-new ~/'Рабочий стол'

В ответ на команду появится до боли знакомое окошко:

А далее -- всё, как и прежде во времена господства старого доброго Gnome-2.

Если не лениво -- напишите текстовым редактором  в домашней папке bash-скрипт, содержащий вышеприведенную команду, как-нибудь обзовите, например, loun, сделайте исполняемым и создайте значок к нему. В поле "команда" при создании значка надо вписывать ./loun, чтобы интерпретатор bash смог бы его найти. Получится значок для создания значков. :)

Успехов!