Он есть в репозиториях Ubuntu! Установим его:

sudo apt-get install ccrypt

Шифруем файл с именем, ну, например, N57O1FH0DC.flv:

ccrypt N57O1FH0DC.flv

Вас дважды попросят ввести пароль. Пароль зависит только от вашей фантазии и будет привязан к шифруемому файлу. Другой файл вы можете зашифровать другим паролем. В результате шифровки исходный файл заменяется на зашифрованный файл с именем N57O1FH0DC.flv.cpt.

Расшифровываем файл командой:

ccdecrypt N57O1FH0DC.flv.cpt

Вас попросят ввести пароль именно ЭТОГО файла. В результате в папке появится исходный файл, зашифрованный файл исчезнет. Если требуется усложнить шифрование и разобраться более детально – читайте man ccrypt.